游泳池水變綠說明已經長綠藻了。游泳池內有綠藻產生時，一方面影響美觀，另一方面是消毒不完全的警告。在游泳池水處理過程中，既然每天有加消毒藥還會產生綠藻，那么代表氯的消毒過程有瑕疵，大部分是 pH 值控制不當或是沒有控制，小部分是池水中次氯酸（余氯）分布不均勻。我們知道消毒藥在水中會水解為次氯酸HOCL（余氯）和次氯酸根 OCL-，而主要的氧化與消毒殺菌、滅藻作用是次氯酸HOCL，在同樣濃度、不同 pH 值的條件下次氯酸 HOCL與次氯酸根 OCL-會有不同的比率存在， 也就是說自由有效氯在不同的 pH 值下會有不同的活性百分比，如果泳池余氯由于上述原因連續處于低濃度（﹤0.3ppm）就很容易滋生綠藻。
但是綠藻的生長是漸進的，在空氣中隨時會有藻類孢子掉落到泳池中，等待適當的環境開始分裂（特別是下雨之后綠藻生長更加嚴重），一旦游泳池內余氯不足，藻類就開始繁殖，在下一次補足消毒藥時，就會有大部分已長成的藻類被殺死，另外小部分則被包圍在外面的已殺死的藻類所保護，同時開始適應環境，形成優勢生長且具有抗藥性，導致泳池水變綠。
所以如果想清除綠藻隱患，一方面要做到泳池有足夠的余氯（0.3-0.5ppm），另一方面要使池水的pH保持穩定（7.0-7.8）。